فتحت قضية تعديل المناهج الدراسية وحذف المقررات الجنسية، باب الجدل حول قضية تعديل المناهج بشكل عام، وأثارت العديد من ردود الفعل بين أوساط الشيعة والبهائيين، الذين اعتبروا المناهج الدراسية عامة والدينية خاصة تكريسا للتمييز والتعصب وربما تدفع إلى الإرهاب.
قال المفكر الشيعى الدكتور "أحمد راسم النفيس"، إن المناهج الدراسية تتجاهل عمدا أن العصر الفاطمى كان "شيعيا" إكراما لصلاح الدين الأيوبى الذى أغلق الجامع الأزهر خوفا من انتشار المد الشيعى آنذاك، وأضاف :هناك كتابات لمؤرخين غير شيعيين مثل "عبد المنعم ماجد" تستحق أن تتعامل معها وزارة التربية والتعليم لأن الرؤية الأحادية للتاريخ "مضللة"، فهناك تجاهل مطلق للدور الذى لعبه الشيعة فى التاريخ الإسلامى رغم أن كتابات المؤرخين الغربيين تؤكد أن مصر لم تشهد حضارة منذ العهد البطلمى إلا فى عصر الدولة الفاطمية.
وتابع :كما أن الحاكم بأمر الله هو الذى نظم العلاقة بين الكنائس الشرقية وغالبية المصريين دخلوا الإسلام فى عهده، أما بالنسبة للمناهج الدينية فهناك تجاهل تام لكتابات الشيخ "محمود شلتوت" ورؤيته المعتدلة التى كانت تدعو إلى التقريب بين المذاهب.
ومن جانبها قالت الناشطة البهائية الدكتورة "بسمة موسى" إن الطريقة التى تتعامل بها المدارس مع حصة التربية الدينية من شأنها أن ترسخ التمييز بين الأطفال. وتساءلت: كيف يتم الفصل بين طفل وآخر فى حصة التربية الدينية؟ وأضافت: عزل الأطفال المسلمين عن المسيحيين يكرس للانعزالية، وذكرت "موسى" أنها حين كانت طفلة فى المدرسة كانت "متقطعة نفسيا" فى حصة التربية الدينية.
وطالبت "موسى" الدكتور "أحمد زكى بدر" وزير التربية والتعليم باستحداث "مادة الأخلاق" التى تدرس بأوروبا والولايات المتحدة لأطفال المدارس، ويتم من خلالها تدريس القيم والمبادئ من خلال الدين وضرب مثلا "كأن نحث الأطفال على الأمانة فنورد آيات من القرآن وأخرى من الإنجيل وثالثة من التوراة وحتى من "الألواح البهائية" تدلل على أهمية الأمانة وقيمتها لأن جوهر الأديان جميعا واحد فكلها تدعو للحق والخير والجمال.
وتابعت "أنا لا أطالب بمنع تدريس "الدين" لأن الإنسان بلا دين كجسد بلا روح ولكننى أطالب بتحصين الأطفال ضد دعاوى العنصرية والفتن الطائفية من خلال التعامل مع الآخر.
وأشارت "موسى" إلى أن أبناءها يدرسون التربية الإسلامية فى المدارس بعد أن قامت المدرسة بتخييرهم بين "التربية الإسلامية" أو "المسيحية" فاختارت "موسى" التربية الإسلامية لأبنائها لأن البهائية تعترف بجميع الأديان وليس هناك فرق بين الدينين.